2007/07/04

生命起源 比你想像的更簡單!

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生命起源  比你想的更簡單
地球上突然出現RNA之類能自我複製的大分子,可能性微乎其微;但是由能量驅動的小分子反應循環,反而比較可能是生命的開始。 

撰文/ 夏皮洛(Robert Shapiro)
翻譯/ 涂可欣

 

  不平凡的發現可以讓人提出不平凡的主張。當華生(James Watson)宣佈他和克里克(Francis Crick)發現了DNA的結構後,克里克立即「飛奔到老鷹酒吧,告訴附近每個人:『我們已發現了生命的秘密。』」DNA優美的雙股螺旋結構,值得科學家投注熱情:這種結構讓遺傳訊息能夠以四種化學物質(鹼基)構成的字母來傳達下去,就像是  英文使用26個字母來書寫一樣。此外,這些資訊儲存的形式為兩條長鏈,兩條長鏈記錄了彼此的內容,這種安排顯示了雙螺旋的複製機制:DNA雙股螺旋的兩條長鏈在複製時會分開,帶有鹼基的DNA基本單元(核酸)會沿著剛分開來的兩條長鏈排列並連接,形成兩個新的雙股螺旋結構,這兩個都是原本DNA的複製品。

     華生–克里克的DNA的結構,激發排山倒海般有關活細胞運作方式的發現。諾貝爾獎得主繆勒(H. J. Muller)寫道,基因成份是「活生生的物質,是最早生命的現今代表」;天文學家薩根(Carl Sagan)想像它是「一個原始、裸露而活生生的基因,處於稀薄的有機物質溶液中。」(這裡的「有機」是指含碳原子的化合物,它們存在於生命中,也存在於非生命世界中)雖然人們對生命提出了許多不同的定義,而繆勒的看法和美國航太總署(NASA)的定義剛好一致:生命是能夠自我維續、進行達爾文式演化的化學系統。

     道金斯(Richard Dawkins)在他的《自私的基因》一書中,詳細描述了最早的生命物質:「在偶然的機緣下,一個神奇的分子形成了。這種分子可能不是當時最大或最複雜的分子,但它有一個非常特別的性質:它能夠複製自己。讓我們稱它為『複製子』(replicator)。」道金斯在30年前寫下這段話時,DNA是最符合這個角色的候選者,後來研究人員又認為其他分子可能是最早的複製子,但我和一些科學家認為,複製子的生命起源模型有其根本的缺陷,我們傾向另一個比較有道理的概念。

 RNA統治世界

 科學家很快就發現「DNA為始」理論的困境。DNA在複製時如果沒有一些蛋白質的幫助,就無法進行,而蛋白質是一群化學結構和DNA極為不同的大分子。DNA和蛋白質都是由一些基本單元串連形成的,DNA由核酸組成,蛋白質則由胺基酸組成。蛋白質是細胞內多才多藝的角色,像蛋白質家族中最為人知的酵素,就是扮演推手的角色,來加速原本過慢而無法用於生命的化學反應。今日細胞所用的蛋白質,都是根據儲存在DNA內的藍圖所建造出來的。

空泛的原生湯鍋

RNA為始」的理論面對許多難以回答的問題:最早能自我複製的RNA是如何形成?吉爾伯特描繪RNA從無生命的核酸湯中形成景象,有巨大的阻礙。RNA的基本單元核酸是結構複雜的有機物質,它含有一個糖分子、一個磷酸分子和四種含氮鹼基中的一種。因此每一個RNA核酸都帶有910個碳原子、一些氮原子和氧原子,以及一個磷酸基,然後以精確的三維空間模式組合起來。同樣的成份可以有許多不同的組合方式,形成數千種可串連的核酸,但這些分子都不是組成RNA的核酸。不過這個數字算小的了,因為大小相當但又非核酸類的穩定有機分子,種類類多達數百萬。

 由小分子起始的生命世界

諾貝爾獎得主杜維(Christian de Duve)呼籲科學家駁斥機率小到可以稱為奇蹟、其現象落在科學研究範圍之外的觀念。我們在探討生命起源時必須排除DNARNA、蛋白質和其他精緻複雜的大型分子。無生命世界提供了我們各種小分子組合,值得一探究竟。幸運的是,多年來我們已有一些關於這些小分子的理論。這些理論運用的是熱力學的生命概念,而不是遺傳觀念。薩根在《大英百科全書》整理出了以下的概要:「一個經由能量驅動、可增加其秩序(熵降低)的局部循環反應,應可視為生命。」這種小分子的概念源於俄羅斯生化學家歐帕林(Alexander Oparin),這類生命起源的學說在細節上有一些差異,在此我列出了五項必要條件(以及我個人的一些想法)。

1.在生命和無生命之間必須有分隔,高度組織化是生命的特點,然而根據熱力學第二定律,宇宙會朝亂度(熵)增加的方向發展。

2.形成秩序的過程中需要能量供應,不管是人類或微生物,這種將食物轉化為生命的過程都牽涉了氧化還原反應:將富含電子(還原態)的物質的電子,轉移給缺乏電子(氧化態)的物質。植物可直接將太陽能轉變為生命可用的能量型態,而特殊環境中的細胞則能利用其他能量形式,像是膜兩側酸性的差異。

3.釋放的能量必須要透過某個機制,與製造和維持生命組織的過程連接起來。釋放的能量不見得會產生有用的結果,例如在汽車汽缸內燃燒的石油所釋出的化學能,並不一定會驅動汽車,除非能用這能量來帶動輪子,因此需要一些機械來連接兩者。

4.它必須形成一個化學網絡,才能夠適應和演化。舉例來說,讓我們想像有一個能量為順差的礦物氧化還原反應,可讓某一區隔內的有機化合物A轉換為化合物B,我稱這關鍵轉化反應為驅動反應,因為它就像引擎一樣可帶動形成組織的過程。

5.網絡必須成長和複製。為了生存和成長,網絡取得物質的速度必須快於它流失物質的速度。根據熱力學熵增加的定律,多少會發生網絡物質從隔離的區域滲漏到外面的情況;還有些副反應會產生氣體,氣體會散逸;或形成沉積物質,脫離溶解的狀態。如果這些物質流失的速度加起來超過網絡取得物質的速度,整個網絡最後就會消失,當外界能量來源耗盡時也會產生相同結果。

重建演化的化學網絡

這種小分子生命起源方式需要一些自然條件配合,像是分隔的區域、外在的能量來源、連結能量來源的驅動反應、包含驅動反應的化學網絡、簡單的繁殖機制。這些條件普遍存在於自然界中,比起形成一個複製子所需的多重又繁複步驟,可行性高多了。

如果小分子起源的理論能獲得證實,我們對宇宙中哪些地點可能有生命的存在的預測,也會有所不同。在RNA為始的情境下,生命起源的可能性極微,表示我們在這個宇宙中可能是唯一的,套用生物學家莫納德(Jacques Monod)的話:「宇宙並不富含生命,包含人類的生物圈也是絕無僅有這就和我們在蒙地卡羅賭局贏錢的機率一樣低。」

然而小分子理論卻與生物學家考夫曼(Stuart Kauffman)的觀點一致:「如果這個理論是真的,生命的可能性將比我們以為的大多了,這個宇宙不僅是我們的家,還居住了一些尚未謀面的同伴。」....more

【意猶未盡嗎?欲閱讀完整全文,請參閱《科學人》雜誌2007年7月號

 

 
小樹叢的綠金夢
減低碳排放的時代,麻瘋樹可望成為重要的生物燃料。

撰文/倫納(Rebecca Renner)

翻譯/涂可欣

有一種會生長油質種子的灌木,很可能成為理想的生物燃料來源。數百年來,坦尚尼亞和馬里等非洲地區的居民種植麻瘋樹(Jatropha curcas)做為籬笆,現在非洲和印度等熱帶地區的生質柴油開發業者則購地栽種這種植物,希望能利用它的種子提煉燃料。他們認為相較溫帶地區種植的其他生物燃料作物,麻瘋樹對全球環境和經濟更有益處。
在再生能源產業裡,用玉米或甘蔗製造的乙醇、油菜籽的生質柴油,以及大豆油或棕櫚油,一直是備受注意的要角。理論上,使用這些生物燃料並不會增加大氣中的二氧化碳,因為植物生長時可吸收回燃燒過程釋出的廢氣。
儘管如此,生物燃料仍面對了許多批評。像玉米、油菜籽和大豆等食品雖可用來製造燃油,但它們價格昂貴,需要密集農耕,並會威脅糧食供給。麻瘋樹則無上述缺點,這種植物喜愛乾熱的環境,因此不會威脅雨林;它也沒有「用糧食來換取燃料」的問題,因為提煉自麻瘋樹種子的油有毒,原本就不可食用。澳洲麥考利大學的策略管理教授馬修斯(John Mathews)說,許多位於熱帶地區的開發中國家都有大片半乾燥、不適耕種的土地可用來種植燃料作物,而且這些地區的勞工較為便宜,利用麻瘋樹之類的植物來生產生物燃油,「是讓落後地區工業化、並終結貧窮問題最後努力的最可靠辦法。」馬修斯倡議大規模栽種麻瘋樹,協助中國和印度等擴展中經濟體能源能自給自足,並提高非洲落後國家的出口。
馬修斯的看法可能不久即將實現。英國開發生質柴油的D1油業公司已在史瓦濟蘭、辛巴威、南非和印度(採合作企業)種植了總面積達15萬公頃的麻瘋樹,該公司計畫今年種植面積將再擴增一倍。荷蘭生物柴油機具製造廠BioKing則在塞內加爾栽植,此外中國政府也已展開大型栽培計畫。德國科技轉移顧問漢寧(Reinhard Henning)是麻瘋樹油專家,他說:「現在沒有人生產麻瘋樹油,因為所有的種子都拿來種植了。」
除了建立麻瘋樹農場外,麻瘋樹推廣者也開始鑑定、挑選和繁殖最適合生產生質柴油的品種。漢寧發現巴西麻瘋樹的種子含有40%的油脂,大約和油菜籽相當,是大豆含油量(18%)的兩倍,此外印尼有一種便於採收的矮株品種。
D1油業公司農藝部門負責人朱斯(Henk Joos)解釋,找尋適合特殊生長環境的品種格外重要,因為有關麻瘋樹的科學研究並不多,目前只有許多傳聞。朱斯說:「我們知道這種植物耐旱、能在不同的環境中生長,但現在許多人將它視為神奇作物,可種植在沙漠而等著收割黃金的想法是危險的,可能會危及社會和經濟的穩定性。」他說麻瘋樹應該像其他農作物一樣栽培管理。像是在D1油業的農場裡,農民在不取代糧食作物的情況下,找尋最好的空地來種植,然後採取最佳的農耕方法:修剪枝幹、施肥和澆水。
荷蘭瓦罕寧恩大學農藝學家榮斯查帕(Raymond Jongschaap)了解到成功的大型營運需要管理完善的農場,而這會與糧食作物競爭灌溉用水和土地,因此他開始帶頭反對找尋不同麻瘋樹品種以配合生長環境、且有最大麻瘋樹油產量的研究計畫。他比較信賴小規模的栽種法,例如以麻瘋樹為籬笆,或與其他作物混合種植,目前肯亞和馬達加斯加就是在香草樹旁種植麻瘋樹。
漢寧同意種植麻瘋樹的農民應該先從小規模開始。目前生質柴油仍無法與價格相對較低的石油競爭,因此較適合做為改善鄉村生計和基本能源供應的地區性計畫。而這些小型計畫也已開始建立民眾的熟悉度和專門技術的架構,譬如坦尚尼亞的孩童在學校即可學習到有關麻瘋樹的知識。朱斯相信,如果油價上升,麻瘋樹的栽植即可擴大規模,讓這些野生灌木成為「永續性經濟作物」,並躍升為未來的燃料。

【本文轉載自科學人2007年7月號】 

 
總編輯的話─麻醉迷霧的重要關鍵

趕緊報名7/28(六)李家維教授精采講座!!

撰文╱李家維

腰疼了好多年,坐久了,起身後就得弓著背;開車時,左挪右挪總不能專心享受那飛馳的快感。看過幾位醫師,換來更難過的診斷,說是:「老了,又能怎麼辦?」「長骨刺喔!這可不好辦了。」直到去年底健檢時,用超音波發現我的左腎腫大,X光片下有顆直徑1公分的大結石堵住了內徑0.5公分的輸尿管,排不出尿,腎就浮腫了。
於是我首次躺上了手術台,開明的陳醫師允許我戴著眼鏡,看他怎麼用高壓氣體擊碎結石的精彩過程。我光著下半身,聽嬌俏的護士笑談要告訴她媽媽我長得什麼樣,又透過內視鏡攝影,看螢幕上自己輸尿管裡反覆的石屑飛散和血霧迷濛。碎石完畢後,內視鏡裡又伸出個小爪子,撿拾四散的石塊,最後再放進一條雙J管,兩端分別鉤上腎臟和膀胱,這就能保持尿流順暢了。手術完畢,我的腰疼神奇消失,又有了個靈活的「二枚腰」。
能如此清醒的旁觀,避開了那可能是椎心的痛,全拜麻醉師在我背脊上打的一針。許多讀者可能曾被麻醉過,但你可知道麻醉藥的作用原理?

在這期《科學人》,加拿大多倫多大學的歐瑟幫我們解開麻醉的重重迷霧。她說麻醉藥分子會選擇性的結合在神經細胞上,強化了一種叫GABA的神經訊息傳遞物的作用,神經細胞間的溝通因此被阻斷,痛覺就暫時消失了。歐瑟說現在的麻醉藥還不夠好,有時會產生嚴重的副作用,甚至因此喪命。知道了麻醉的分子機制後,可以量身訂做的新一代藥物正在研發,以後應該可以更放心的進手術房了。
那次手術的前半段可真開心,我好問,醫師和護士也樂於回答,大家說說笑笑。突然我累了,輕聲說想睡個覺,很難描述那種感覺,可能「安詳」是最貼切了,但是又有些擔心,瀕死是否就是如此?這時護士驚覺我的心跳已慢到40以下,及時補上一針強心劑,我這才又能聚神看碎石秀。麻醉是一門相當複雜的科學,台大醫院麻醉部的孫維仁主任就說,麻醉醫師是外科手術的守護天使,但他也沉痛的指出,我們台灣的麻醉醫師嚴重不足,他們超時過量的工作,可能是台灣麻醉相關死亡率遠超過日本和美國的主因。
如此令人驚悚的現況該如何改善?當然衛生署得想辦法解決,但是可能你我也有責任。我只記得泌尿科醫師和小護士都姓陳,而壓根不曾問過麻醉醫師是誰。工作壓力大,少了該有的重視,誰還想當關係病人瞬間生死的麻醉醫師?

【本文轉載自科學人2007年7月號】 

 

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